2026年7月，国家税务总局发布《关于企业重组业务所得税处理有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2026年第13号，以下简称“13号公告”）及配套解读。13号公告聚焦企业合并、分立业务，允许符合条件的居民企业股东对应部分采用特殊性税务处理，其余部分采用一般性税务处理，并进一步明确不同类型股东的所得税衔接规则。新规主要解决股东数量多、类型复杂情况下，各方难以统一采用同一税务处理方式的实务难题，提升了企业重组所得税政策的可操作性。本文将结合《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号，以下简称“59号文”），解读13号公告带来的变化。
本文要点
1
59号文定义六类企业重组，建立一般性和特殊性税务处理的基本框架。
2
13号公告基于59号文，针对“合并”和“分立”，提出了优化“一致性处理”的征管口径。
3
新规允许符合条件的部分采用特殊性税务处理，其余部分采用一般性税务处理。
4
居民企业股东的企业所得税与自然人股东的个人所得税，可以在同一项重组中并行衔接。
一、59号文：企业重组所得税的基础框架
根据59号文规定，企业重组包括六类：
13号公告此次调整的重点，仅是其中的企业合并和分立。
59号文同时建立了两条税务处理路径：
特殊性税务处理的核心是递延纳税。企业还需同时满足合理商业目的、资产或股权比例、股权支付比例、12个月经营连续性和股东持股要求等条件。合并、分立还有各自的专门要求，例如股权支付金额通常不低于交易支付总额的85%。
二、从59号文到13号公告：各文件解决什么问题
59号文的出台，大大降低了企业并购重组交易中的税务负担，但是随着混合所有制改革的深入，原定条件过高，限制了可适用范围，对企业并购重组造成了一定的阻力。因此，我们看到后续出台了财税〔2014〕109号以及新发布的13号公告，均是在合理范围内降低了适用特殊性税务处理的条件。13号公告更是创新性地提出了同时适用特殊性税务处理、一般性税务处理的调整机制，解决哪些当事方需要达成一致、不同部分如何确定计税基础及重组后如何跟踪等操作问题，确保了税法征收的公平性。
三、原来的难题：多元股东难以统一处理
国家税务总局公告2010年第4号要求同一重组业务的当事各方统一采用一般性或特殊性税务处理。但实操中，诸如上市公司或多元股东的企业情况较为普遍，可能同时存在居民企业、自然人、合伙企业、契约型资管产品和非居民企业等股东。各类主体适用的所得税制度不同，往往难以取得全部当事方的一致意见，即使交易满足其他条件，也可能因此无法适用特殊性税务处理。
四、13号公告：符合条件的部分可分别处理
对于企业合并、分立，13号公告的主要规则包括：
1
允许分别处理：达成一致的居民企业股东所持股权及对应的资产、负债可适用特殊性税务处理，其余部分适用一般性税务处理。
2
超过50%门槛：达成一致的居民企业股东合计持股比例须超过50%。
3
必须参与的股东：持股不低于5%的居民企业股东及前十大居民企业股东均须达成一致，并与被合并（被分立）企业、合并（分立）企业达成一致。
4
其他条件继续适用：59号文规定的其他特殊性税务处理条件仍需同时满足。
5
12个月限制：持股不低于5%的居民企业股东及前十大居民企业股东在重组后12个月内不得转让重组取得的股权；其他达成一致的股东如转让后导致一致比例不再超过50%，也会影响政策适用。
6
一般性税务处理部分的简便方法：合并（分立）企业可选择沿用原计税基础，并将对应的公允价值与原计税基础差额作为一项单独资产，自重组日所属年度起分10年均匀税前摊销。该方法一经选择不得改变。
五、企业所得税与个人所得税如何衔接
假设甲企业吸收合并乙企业。乙企业三家居民企业股东分别持股45%、10%和5%，自然人股东持股40%。三家居民企业股东合计持股60%，并与甲、乙企业达成一致。假设其他条件均已满足：
-
60%股权及对应资产、负债可采用企业所得税特殊性税务处理；
-
其余40%对应资产、负债在企业层面采用一般性税务处理；
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自然人股东本人按现行个人所得税规定处理。
由此，企业所得税特殊性税务处理、企业层面的一般性税务处理和自然人股东的个人所得税处理，可以在同一项重组中并行衔接。自然人股东的个税处理，不再阻断居民企业股东对应部分适用特殊性税务处理。
国家税务总局公告2015年第48号已明确自然人可以作为合并、分立中的相关股东。13号公告进一步明确合伙企业、契约型资管产品和非居民企业也可以作为相关股东，并按各自适用的现行所得税规定处理。
致同观察
13号公告降低了多元股东结构下企业合并、分立的协调障碍，优化了一致性处理的征管口径，但并未取消59号文的其他条件，也不能扩大适用到股权收购、资产收购等其他重组类型。
同一交易中并存一般性和特殊性税务处理后，所得划分、计税基础台账及12个月后续监控会更为重要。
企业接下来应当怎么做
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确认重组类型及重组日，判断13号公告能否适用；
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梳理股东类型和持股比例，核对“超过50%”、“不低于5%”及“前十大”口径；
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分层测算企业层面、居民企业股东和自然人股东的税务影响；
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完善一致意见、申报资料和计税基础台账，并跟踪12个月内的限制条件。
13号公告适用于重组日在2026年1月1日以后的业务。重组日应按国家税务总局公告2015年第48号的相关规定确定，不宜仅以协议签署日判断。
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