13号公告第一条规定了企业合并（分立）适用特殊性税务处理的条件之一是被合并（被分立）企业的居民企业股东合计持股比例超过50%达成一致。

案例一²：假设甲企业吸收合并乙企业，乙企业共有四名股东，股东类型及持股情况分别为：A股东为居民企业，持股45%；B股东为自然人，持股40%；C股东为居民企业，持股10%；D股东为居民企业，持股5%。

A股东、C股东、D股东与被合并企业、合并企业就特殊性税务处理达成一致。假设符合其他特殊性税务处理条件，该重组是否可以适用特殊性税务处理？

分析：由于A股东、C股东、D股东与被合并企业、合并企业就特殊性税务处理达成一致，则达成一致的居民企业股东合计持股比例为60%，符合合计持股比例超过50%的要求，在符合其他政策规定的情况下，居民企业股东A、C、D可以适用特殊性税务处理。自然人B股东应按个人所得税的相关规定进行税务处理。

13号公告出台之前，根据国家税务总局公告[2010]4号，同一重组业务的居民企业当事各方应采取一致税务处理原则，即统一按一般性或特殊性税务处理。国家税务总局公告[2015]48号附件《企业重组所得税特殊性税务处理申报资料一览表》中进一步要求适用特殊性税务处理的报送资料中包括“根据重组当事各方一致选择特殊性税务处理并加盖当事各方公章的证明资料”。

13号公告对于合并（分立）业务适用特殊性税务处理的“一致性”规则做出优化，被合并（被分立）企业的居民企业股东合计持股需超过50%一致同意就能适用特殊性税务处理。在计算50%门槛时，股权比例不低于5%的居民企业股东和前十大居民企业股东必须达成一致。其他居民企业小股东可以选择是否达成一致适用特殊性税务处理。若居民企业小股东不选择达成一致，或对合并（分立）不知情，没有参与达成一致的证明资料，这些小股东应适用一般性税务处理。

案例一（续）：重组时，乙企业资产和负债的计税基础为1000万元，公允价值1800万元。重组各方应如何进行税务处理？

分析：

股东层面：居民企业股东A、C、D适用特殊性税务处理，暂不确认股权转让所得。自然人B股东应按现行的个人所得税的相关规定处理。

子公司层面（60%按特殊性税务处理，40%按一般性税务处理）：

13号公告出台前，由于企业合并、分立中允许存在自然人股东，自然人股东也是无法适用特殊性税务处理的，股东层面的处理思路与13号公告一致，但从未有文件明确这种情况下，对被合并（被分立）的子公司层面资产/负债增值部分的企业所得税处理。因此在此前的实务中，乙企业层面通常不会确认转让所得，同时甲企业取得乙企业资产和负债的计税基础一般全数按照乙企业的原有计税基础确定（即1000）。企业应注意13号公告下，当有部分股东选择一般性税务处理，被合并（被分立）企业层面可能会产生企业所得税义务。

此外，根据13号公告，乙企业确认了部分转让所得，甲企业取得的资产/负债的计税基础相应增加。若选择单项计税方法，该计税基础可根据不同的资产类型通过正常的折旧摊销或在甲企业后续处置资产时扣除。若选择简便计税方法，仅可当作一项资产在后续10年摊销扣除。企业应审视被合并（被分立）的资产类型并结合合规成本，以便选择更适合的方案。

13号公告第二条规定了适用特殊性税务处理的股东在重组后12个月内不得转让所取得的股权的两种情形。

情形1：前十大居民企业股东，以及持股比例不低于5%的居民企业股东

案例二³：甲企业为上市公司，拟吸收合并乙企业。乙企业所有居民企业股东均达成一致，达成一致的居民企业股东合计持股比例为86%，自然人股东和合伙企业股东未达成一致，合计持股14%。重组日的乙企业资产和负债计税基础为1000万元，公允价值为2000万元。重组完成后第9个月，其中一位居民企业股东（持股比例6%）转让所持有的甲上市公司股票。应如何进行税务处理？

分析：

根据59号文，适用特殊性税务处理的条件之一是“企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。”国家税务总局公告[2010]4号进一步规定“原主要股东，是指原持有转让企业或被收购企业20%以上股权的股东”。13号公告收紧了这一规定：所有股权比例不低于5%的居民企业股东，以及所有前十大居民企业股东在重组后连续12个月内，均不得转让所取得的股权，否则所有当事方要重新按照一般性税务处理调整，具体到本例中：

• 被合并方乙企业：应补充确认所得860万元，但实务中需留意此时乙企业在合并后可能已被注销，这种情况下可能须由存续企业（本案例中的甲企业）确认该项所得。

• 合并方甲企业：重新按2000万元确认取得资产/负债的计税基础。

• 股东层面：确认所得。根据59号文企业合并的一般性税务处理，居民企业股东应按清算进行所得税处理。

情形2：不属于前十大居民企业股东且比例低于5%的其他股东

案例三⁴：2026年7月，甲企业吸收合并乙企业，达成一致的居民企业股东持股比例为51%。A股东为居民企业，不属于排名前十的居民企业股东，持有乙企业4%股份，与其他当事各方达成一致适用特殊性税务处理。合并重组后，A股东取得甲企业2%的股份。2026年12月，A股东转让甲企业1%股份，是否违反适用特殊性税务处理的规定？

分析：

A股东转让甲企业1%股份，则对应乙企业2%股份未达成一致。达成一致比例下降为49%，即使在其他条件符合的情况下，该项合并也不能适用特殊性税务处理，当事各方均应按一般性税务处理进行调整。

按照官方解读中对这个案例的描述，前十大居民企业股东以及比例不低于5%的股东一致同意的持股合计应该未超过50%的门槛，因此A股东虽然不属于排名前十的居民企业股东且持股比例低于5%，其持股比例也纳入了计算，以使得达成一致的居民企业股东合计持股比例达到51%。因此A股东在后续12个月内转让取得的甲公司的股权违反了适用特殊性税务处理的条件，当事各方均不能适用特殊性税务处理，应按规定进行调整。

公告解读中未提到的另一种情况是：假设前十大居民企业股东以及比例不低于5%的股东一致同意的持股合计已经超过50%，A股东的4%持股比例未纳入50%门槛的计算。若A股东重组日选择就特殊性税务处理达成一致，但在重组后12个月内转让取得的甲公司1%的股权（对应乙企业2%的股权），公告及其解读未明确这种行为的后续税务处理（建议与主管税局沟通），具体来说：

• 股东层面：由于达成一致的合计持股比例仍然超过50%的门槛，理论上不影响其他达成一致的居民企业股东继续享受特殊性税务处理。但文件未明确A股东是否视同违反12个月规定，应按重组日一般性税务处理调整确认所得。若是，是否应该按转股的比例（A股东仅转让了一半股权）确认所得还是全额确认所得；

• 被合并乙企业层面：乙企业是否需要就对应的4%（亦或2%）的资产/负债增值补充确认所得（而甲企业相应调增计税基础）。

国家税务总局公告[2015]48号明确自然人股东应按个人所得税的相关规定进行税务处理，即不适用特殊性税务处理。13号公告在此基础上进一步明确自然人股东、非居民企业股东、合伙企业股东、契约型资管产品均应按现行规定进行所得税处理，言下之意也不可适用特殊性税务处理。

近年来，上市公司吸收合并等重组业务逐渐增多，但上市公司股东众多，全部居民企业股东未必能按此前的规定对于特殊性处理完全达成一致。13号公告最显著的变化是企业合并（分立）的各当事方不再需要100%一致适用特殊性税务处理，只要达成一致的居民企业股东持股比例合计超过50%的门槛，且符合特殊性税务处理的其他条件的，达成一致的居民企业股东及其子公司层面就可以按达成一致的股权对应比例适用特殊性税务处理。

由于13号公告提供了特殊性税务处理和一般性税务处理的“双轨制”，企业在适用文件时需留意以下几点：

• 股东层面：对核心大股东（持股超过5%，前十大股东）设置了严格的要求，必须全部同意适用特殊性税务处理且重组后12个月内不可转让取得的股权套现，否则当事各方都必须全部重新调整并补缴税款。对其他适用特殊性税务处理的居民企业小股东的转让也需进行动态追踪，确保重组后12个月内小份额转让不影响50%的门槛，以及关注是否对子公司层面产生税务影响。

• 子公司层面：若同时存在适用特殊性税务处理和一般性税务处理的股东，重组后的合并方（或分立方）在计算取得的资产和负债的计税基础时，公允价值和原计税基础都会参与计算，财务部门需建立台账进行分别核算。同时应关注本来适用特殊性税务处理的股东在重组后12个月内转让取得的股权对子公司层面可能产生的税务影响。

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