解答：

可以，但是有前提条件。

股东兼任总经理，不能全额工资计入研发费用加计扣除；仅其实际投入研发活动对应的薪酬部分，可按工时分摊后加计扣除；纯经营管理对应的工资，不得归集研发加计。

身份是总经理或股东不直接剥夺归集资格，判断标准只有两点：

1.是否直接参与研发项目（属于税法定义的研究/技术人员）；

2.是否同时承担经营管理等非研发工作，必须做工时分摊。

一、政策依据（国家税务总局公告2017年第40号）

1.可加计扣除人工仅限直接从事研发活动人员：研究人员、技术人员、辅助人员。

（1）研究人员：主要从事研发项目的专业人员；

（2）初创公司总经理若亲自做方案设计、实验、样品开发、技术攻关，属于研究人员范畴；

（3）单纯管人事、财务、业务拓展、内部管理，不属于研发人员。

2.关键条款（40号公告第一条第（三）款）

直接从事研发活动的人员同时从事非研发活动的，企业应对其人员活动情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。

二、针对提问企业场景详细解读

1.允许分摊加计的前提（缺一不可）

（1）总经理具备对应专业技术能力，实实在在参与研发：写技术方案、做实验、测试产品、对接研发试验、主导新产品开发等，不能只口头说参与；

（2）留存完整工时台账：按月记录每日工时，区分「研发工时」「行政管理/经营管理工时」；

（3）按研发工时÷当月总工时分摊当月工资、五险一金，仅分摊出来的研发部分计入研发费用享受加计；

（4）留存佐证材料：研发项目立项书、总经理参与研发的会议纪要、试验记录、图纸、研发成果（专利、样品、测试报告等）。

2.绝对禁止的违规操作（稽查高频风险）

（1）直接将总经理全部工资全额计入研发费用加计扣除，无工时分摊、无研发工作记录；

（2）仅挂名研发，总经理完全不参与技术研发，全部薪酬归集研发；

（3）工时表随意编造、无任何研发成果配套佐证。

税务稽查会全额调增应纳税所得额、补企业所得税+滞纳金，情节严重认定偷税罚款。

3.两种典型情形区分

情形A：初创总经理一半时间搞技术研发、一半时间管公司运营。

例：月薪20000，当月研发工时占比50%

仅10000元工资及对应五险一金可计入研发费用加计扣除，剩余10000元计入管理费用，不得加计。

情形B：总经理100%精力全部投入技术研发，不负责行政、市场、内部管理。

需提供完整证据证明无管理类工作，可全额归集研发费用加计扣除；初创企业极少满足该条件，税务核查会从严。

三、企业备查资料清单（应对汇算清缴与税务稽查）

1.研发项目立项文件、研发任务书，列明总经理为项目研发负责人；

2.月度研发工时记录表（本人签字留存）；

3.总经理参与研发的原始记录：实验日志、设计图纸、技术会议记录、测试报告；

4.工资表、五险一金计提分摊计算表（工时分摊计算过程）；

5.研发产出佐证：样品、检测报告、专利申请材料等。

四、补充区分：高新企业vs加计扣除口径统一

高新技术企业研发人员认定逻辑与40号公告一致，高管兼职研发同样要求工时分摊，不能直接全额计入研发人员人工。

总结

股东兼总经理只要真实参与技术研发，可按研发工时分摊工资加计扣除；无工时台账、未分摊直接全额归集，属于不合规归集，存在重大涉税风险。