总分公司汇算清缴有哪些涉税要点？税局官方解答！
来源
厦门税务公众号
导 言
跨地区经营的企业为了管理高效、执行统一，在税务管理上通常选择“汇总纳税企业”，也就是“总分机构”。作为总分机构，在日常涉税管理中有哪些要点需要注意？让我们以一问一答的方式来了解一下吧！
1.总分机构汇总缴纳企业所得税，预缴及汇算清缴时按什么原则处理？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第三条规定，汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
（二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
2.我是一家当年度刚设立的分支机构，需要就地分摊缴纳企业所得税吗？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第四条规定：“总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分摊缴纳企业所得税。”以及第五条规定：“以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。”
3.我是一家按规定需要进行汇总纳税备案的企业，每年都要重新备案吗？备案具体应该如何操作呢？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十二条规定：“总机构应将其所有二级及以下分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
分支机构（包括本办法第五条规定的分支机构）应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
上述备案信息发生变化的，除另有规定外，应在内容变化后30日内报总机构和分支机构所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
分支机构注销税务登记后15日内，总机构应将分支机构注销情况报所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。”
4.企业所得税汇总纳税，总分机构如何计算分摊税款？
根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第十三条至第十五条规定、《国家税务总局关于优化企业所得税年度纳税申报表的公告》（国家税务总局公告2025年第1号）第二条规定，结合汇总纳税企业申报情况，优化总分机构分摊税款计算方法，按照调整后的规则，企业先对全年应纳税款进行分摊，再由总、分机构分别抵减其已分摊预缴税款，并计算本年应补退税金额。
5.跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失应如何申报扣除？
根据《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第十一条规定：“在中国境内跨地区经营的汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除：
（一）总机构及其分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定，各自向当地主管税务机关申报外，各分支机构同时还应上报总机构；
（二）总机构对各分支机构上报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向当地主管税务机关进行申报；
（三）总机构将跨地区分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向当地主管税务机关进行专项申报。”
6.我是按规定需要进行汇总纳税的跨省经营企业，上一年度享受了研发费用加计扣除优惠，相关资料应由总机构留存备查还是分支机构留存备查？
根据《国家税务总局关于发布修订后的〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第23号）第八条规定，设有非法人分支机构的居民企业以及实行汇总纳税的非居民企业机构、场所享受优惠事项的，由居民企业的总机构以及汇总纳税的主要机构、场所负责统一归集并留存备查资料。
7.分支机构是否可以享受小型微利企业所得税减免政策？
现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。企业设立不具有法人资格分支机构的，应当先汇总计算总机构及其各分支机构的从业人数、资产总额、年度应纳税所得额，再依据各指标的合计数判断是否符合小型微利企业条件。
